加拿大阿尔伯塔大学(University of Alberta)生物学家发明了一种新工具,可对环状DNA进行测序,这将为科学家提供更丰富、更准确的数据,有望促进针对病毒、农业甚至癌症的研究。

这一工具名为“CIDER-Seq”,它使用了被称为“PacBio”的DNA测序技术,研究人员目前已将其发表在网络上,供其他科学家分析DNA序列。

加拿大阿尔伯塔大学:开发环状DNA测序工具,有望促进癌症和农业等领域的研究-肽度TIMEDOO

Image credits: Pictured is CIDER-Seq, a newly developed tool for sequencing circular and extrachromosomal circular DNA, in action. Illustration by Devang Mehta.

研究主要编辑、博士后研究员Devang Mehta说:“借助CIDER-Seq,大家可以了解神秘的环状DNA在人和植物细胞中的功能。”

研究人员说明称,环状DNA在细菌和病毒的基因组中很常见,最近,科学家又在人和植物细胞的核内发现了环状DNA,并将其称为染色体外环状DNA(eccDNA)。这种鲜为人知的环状DNA也常出现在癌细胞中,甚至可能与其快速繁殖的能力有关。

研究人员此前已开始着手调查eccDNA在癌症中的作用,但由于缺乏有效的研究和测序方法,此类研究进展缓慢。

Mehta表示:“鉴于此,大家设计了一种新的分子生物学方法和新的生物信息学算法,以最终获得eccDNA的完整序列。大家的方法能对这些分子进行完整测序,并为大家和其他研究人员提供一种新工具,可以更好地了解它们在细胞中的实际作用。”

Mehta指出,新工具可能对农业科学家特别有用,因为许多农作物感染的病毒都拥有环状DNA。他举例说:“在肯尼亚的一次田间试验中,大家使用CIDER-Seq的早期版本,帮助研究了经过基因工程改造的农作物在对抗环状DNA病毒方面的有效性。”

The research is published in the journal Nature Protocols.

来源:MEMS